Auch die Instabile Mutation legt "zu Beginn des Versorgungssegments" eine Marke auf die verzauberte Kreatur. Maßgebend ist immer der englische Kartentext aus der Oracle-Datenbank, der alle Errata berücksichtigt. Dieser Text wird in der schwebenden Kartenanzeige ausgegeben, er hat im Zweifelsfall Vorrang vor dem Text, der auf der Karte aufgedruckt ist.
In deinem Fall bedeutet das: Beide Fähigkeiten lösen zur gleichen Zeit aus und gehen in der von dir gewünschten Reihenfolge auf den Stapel. Also kannst du dafür sorgen, dass Chisei erst eine −1/−1-Marke erhält, die du für seine Fähigkeit anschließend wieder entfernst.